Сюжет игры начинается с того момента, когда Альянс вел боевые действия в центре Москвы, а в это время командование СССР приняло решение изменить ход истории в свою пользу. В подземных казематах Кремля ввели в действие машину времен для того, чтобы ликвидировать основную помеху для Союза – профессора Эйнштейна. Итак, миссия завершилась: Эйнштейна похитили, ход истории изменен – можно возвращаться назад. Вернувшаяся экспедиция сделала все как и должно было быть: Советский Союз успешно борется с врагом… на двух фронтах: с Альянсом и Страной Восходящего солнца. Да, теперь нам предстоит сражаться с высокотехнологичной и фанатично Японией со всеми вытекающими последствиями.
